Kolbenfäule wird von verschieden Erregern hervorgerufen und ist häufig an weißlich, lachs- bis zimtfarbenen Belägen der Lieschen zu erkennen. Unter den Lieschen ist der Kolben teilweise oder vollständig von einem dichten Pilzgeflecht überzogen, das je nach Unterart weißlich oder rosarot bis rot sein kann. Die Körner unter dem Pilzgeflecht sind rot bis braun verfärbt und trockenfaul, teils platzen sie auf. Im Laufe des weiteren Infektionsverlaufes verfärben sich auch die Spindel und das Mark gelblich und werden brüchig. Kolbenfäule führt neben hohen Ertragsverlusten auch zu Qualitätseinbußen und geringeren Keimfähigkeiten des Saatgutes. Einige Fusarienarten bilden Mykotoxine, die das Erntegut als Nahrungs- oder Futtermittel aufgrund der Ausbildung von Giften unbrauchbar machen.
Die Erreger überdauern am Saatgut sowie an Pflanzenresten im und auf dem Boden. Eine Verbreitung erfolgt zudem durch Wind und Regen. Die Sporen gelangen auf die Narbenfäden und keimen dort aus. Besonders gute Voraussetzungen für einen Befall sind bei regenreichen und kühlen Spätsommer- und Herbstwochen gegeben. Eine Schädigung des Kolbens durch Zünslerbefall, Frost oder Vögel begünstigt eine Sekundärinfektion durch Fusarien.
Eine Bekämpfung der Kolbenfäule mit Fungiziden ist nicht möglich. Pflanzenbauliche Maßnahmen sind beispielsweise eine diverse Fruchtfolge sowie eine möglichst schnelle und vollständige Maisstrohrotte durch Zerkleinern der Stoppelreste und oberflächliches Einarbeiten, kombiniert mit späterem tieferen Unterpflügen. Bei der Sortenwahl sollte auf die Anfälligkeit der Sorte geachtet werden, frühabreifende Sorten sind häufig weniger anfällig. Auch im Lager können sich Fusarien weiter ausbreiten. Hier sind der richtige Erntezeitpunkt und die umgehende Trocknung entscheidend. Durch die Bekämpfung des Maiszünslers wird zudem die Entstehung von Eintrittspforten für die Erreger eingedämmt. Eine potentielle Ausbreitung im Lager muss durch sofortiges Trocknen der Maiskörner nach der Ernte unterbrochen werden.